Diagnostyka górnego odcinka przewodu pokarmowego obejmuje:

• Badanie przełyku, żołądka, dwunastnicy, ujścia dróg żółciowych i początkowego odcinka jelita czczego.
  Powyższe badanie endoskopowe poszerzone są o rutynowe badanie histologiczne bioptatów oraz szybki test ureazowy w kierunku zakażenia Helicobacter pylori.
  
• W uzasadnionych przypadkach pobierany jest materiał (wymaz, treść żołądkowa, jelitowa) do badań biochemicznych, mikrobiologicznych i parazytologicznych.
  

Wskazaniami do wykonania powyższych badań są następujące sytuacje kliniczne:

• bóle brzucha i wymioty,
  
• zmiany zapalne lub czynnościowe górnego odcinka przewodu pokarmowego (refluks żołądkowo-przełykowy) – badania diagnostyczne i kontrolne,
  
• krwawienie z przewodu pokarmowego,
  
• niedokrwistość o nieustalonej etiologii,
  
• biopsja jelita cienkiego w ramach diagnostyki ZZW,
  
• Choroba Leśniowskiego-Crohna z lokalizacją w górnym odcinku przewodu pokarmowego.
  

W przypadkach uzasadnionych endoskopia umożliwia wykonanie zabiegów leczniczych, a zwłaszcza:

• usuwanie ciała obcego,
  
• zakładanie PEG (przezskórna endoskopowa gastrostomia),
  
• poszerzanie zwężeń przełyku z powodu wad wrodzonych, oparzeń i urazów
  
• obliteracja żylaków przełyku,
  
• usuwanie polipów,
  
• ECPW (endoskopowa cholangiopankreatografia wsteczna).